2018
2019
Master 2
Réseau de micro-organismes : coopération et/ou compétition
Encadrant : Nelly Henry

 

Réseau de micro-organismes : coopération et/ou compétition (contact: nelly.henry@upmc.fr)

 

Contexte : Nous travaillons sur les communautés de micro-organismes adhérant aux surfaces dites ‘Biofilms’. C’est le principal mode de vie des micro-organismes, ils y développent un fonctionnement spécifique dont les mécanismes restent à élucider. Nous nous intéressons au jeu des interactions physiques et physico-chimiques au sein de ces communautés et à son impact sur les principales fonctions biologiques du système.

Objectif : Nous proposons un stage qui porte sur l’étude d’une communauté modèle à 4-espèces dont nous avons caractérisé la formation en système milifluidique. L’objectif du stage est de réaliser un réseau millifluidique permettant d’interroger la capacité des différentes espèces à explorer l’espace — individuellement ou en groupe — et de statuer sur les coopérations et les compétitions qui apparaissent entre les 4 espèces dans un réseau physique ramifié. L’objectif est de mettre en évidence les facteurs qui dominent l’assemblage des communautés bactériennes multi-espèces, potentiellement : la résistance au flux, la motilité, les capacités adhésives, l’adaptation aux carences nutritive...

Pratiquement : Ce travail doit engager le design du réseau physique, sa réalisation en moulages de PDMS, la caractérisation de son hydrodynamique, sa colonisation par le consortium bactérien à 4 espèces et son suivi en vidéo microscopie de fluorescence. L’information devra émerger de la mise en œuvre de protocoles d’analyse d’images. Ce travail de M2 sera étroitement couplé à un travail de thèse en cours sur les perturbations de la communauté 4-espèces qui a permis de mettre au point toutes les techniques nécessaires à l’étude de ces systèmes.

Profil recherché : Physicien ou Physico-chimiste attiré par les questions biologiques, ou biologiste formé aux analyses quantitatives et traitement de données. Des connaissances opérationnelles en Matlab sont souhaitables.

 

 

 

 

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