2019
2020
Master 2
Dynamique des biofilms multi-espèces
Encadrant : Nelly Henry

 

Dynamique des biofilms bactériens multi-espèces

(contact: nelly.henry@upmc.fr)

Contexte : Nous travaillons sur les communautés de micro-organismes adhérant aux surfaces dites ‘Biofilms’. C’est le principal mode de vie des bactéries, elles s'y développent avec un fonctionnement spécifique dont les mécanismes restent à élucider. Nous nous intéressons au jeu des interactions physiques et physico-chimiques au sein de ces communautés et à leur impact sur les principales fonctions biologiques du système. Plusieurs aspects sont actuellemnt à l'étude dans le groupe. Nous explorons

- La dynamique interne de ces communautés soit en utilisant des sondes colloidales, soit en utilisant les cellules elles-mêmes en tant que sonde

- La cartographie spatio-temporelle de l'oxygène dans ces biofilms

- La cinétique de formation des communautés multi-espèces en abordant la question des interactions inter-espèces.

- Les effets de la lumière sur les biofilms bactériens

Stage M2 : Le stage de M2 constituera une contribution à l'une des ces thématiques. Il permettra au stagiaire de se former aux principales méthodes communes à toutes ces approches : microbiologie de base, microfabrication, millifluidique, video-microscopie de fluorescence et/ou de temps de vie de fluorescence, analyse d'image, mise au point de routines d'analyse des données.

Potentiellement, le stage se poursuivra par une thèse dans le cadre d'un contrat européen Fet-Open axé sur les effets de la lumière sur les biofilms bactériens.

Profil recherché : Physicien ou Physico-chimiste attiré par les questions biologiques, ou biologiste formé aux analyses quantitatives et traitement de données. Des connaissances opérationnelles en Matlab sont souhaitables.

 

 

 

Publications reliés

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  URL Full text PDF Bibtex doi:10.1016/j.cell.2018.04.010
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A. Monmeyran , P. Thomen , H. Jonquiere , F. Sureau , C. Li , M.a. Plamont , c. Douarche , j.F. Casella , A. Gautier , N. Henry
  URL Full text PDF Bibtex doi:10.1038/s41598-018-28643-z

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